新版本遊戲故事是延續前年發行的太空戰士Ｘ的內容，時間是設定在前一代故事結束之後兩年，由前一代的女主角YUNA帶領另外兩個女主角進行遊戲的冒險。迥異於以往大家對於RPG遊戲的印象－主要是由男性角色扮演，進行故事。全新的世界觀以及新的技能學習模式，都讓這款續集遊戲增加更多與以往同系列遊戲不同的風貌。

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